Основният и научно-спомагателен фонд на отдел “История на българските земи ХV-ХІХ век” съдържа над 1600 експоната.
Неговото начало е положено още в средата на ХІХ век от Георги Ангелов Друмохарски, Ефрем Каранов и други възрожденски дейци. В резултат на над столетната събирателска дейност на уредниците и специалистите в музея, във фонда се съхраняват ценни колекции от старопечатни книги, възрожденски щампи, оръжие, изключително ценни ръкописи на възрожденски дейци от Кюстендил.
На основата на богатия фонд е експонирана постоянна изложба в къща-музей “Ильо Войвода”, уредени са над 50 временни изложби в Кюстендил и страната.
