Отдел “История на българските земи ХV-ХІХ век” е създаден през 1960 г. Първият му завеждащ е Кирил Попов. През 60-те-80-те години на XX в. в отдела работят специалистите Киро Киров, Илия Брънзалов, Теодора Мешекова, Стела Иванова, Мая Тодорова и ст.н.с. Щелиян Щерионов. Сега уредници са Валентин Дебочички и Явор Митов.
Основните направления в научно-изследователската дейност на специалистите са стопанско-икономически, политически и културен живот, църковна и просветна история, възрожденско изкуство на Кюстендил и региона.
